突襲世界的大災難“第二次沖擊”後，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美裏將真嗣救下，並將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰鬥。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗後，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。

不斷襲來的使徒，身份不明的綾波麗，從德國來的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾，14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動聲色地觀察一切，一個稱為“人類補完計劃”的神秘計劃正在按照他的計劃實現。